Parallèlement à la médiation de droit commun (art. L.213-1 cja) plusieurs types de médiation prévus dans des domaines particuliers sont soumises aux dispositions ad hoc du cja. À titre d’exemple cf. les codes et D. ci-après sans que cette liste puisse être regardée comme exhaustive :

Nouvelle-Calédonie
L’art.81 de la loi n° 2019-1461 du 27 décembre 2019 codifiée à l’art. L125-12 du Code des communes de la Nouvelle-Calédonie leur permet d’instituer par délibération du conseil municipal un médiateur territorial. Cet art. qui organise le statut de cette médiation précise :  « Les médiations conduites par le médiateur territorial sont soumises aux dispositions de la section 1 du chapitre III du titre Ier du livre II du code de justice administrative. » (Cf. particulièrement le chapitre topique, Michel Verpeaux, , Une nouvelle loi relative aux collectivités territoriales : la proximité ou la décentralisation ? La loi « Engagement et proximité », in RFDA, 2020, 205 )
Médiateur territorial
Les médiations conduites par le médiateur territorial mentionné à l’art. L.1112-24 du Code général des collectivités territoriales sont soumises aux dispositions de la section 1 du chapitre III du titre Ier du livre II du code de justice administrative.
Militaires
L’art. D.4121-2 du code de la défense autorise tout militaire à engager une médiation dans les conditions prévues aux art. L.213-5 et L.213-6 cja (médiation à l'initiative des parties) encore que l’art. R.4125-1 de ce code écarte cette médiation lorsque la décision contestée par le militaire a fait l'objet du recours prévu au premier alinéa du I, sauf si le président de la commission a informé le militaire de l'incompétence de la commission, de la forclusion, ou du classement de son recours.
Invalides et victimes de guerres
Ce même principe se retrouve dans le Code des pensions militaires d'invalidité et des victimes de guerre (art. R.711-1 et R.711-2 du dit code)
Ressources génétiques
En matière d’accès aux ressources génétiques au sens de l’art. L.412-3 du code de l’environnement, le VII de l’art. L.412-8 de ce code organise une procédure de conciliation organisée selon les principes applicables à la médiation définis aux articles L. 213-1 à L. 213-6 et R. 213-1 à R. 213-4 cja. Il est à remarquer que l’art. R.412-22 du code de l’environnement offre un exemple d’habile passage de la conciliation à la médiation. Il s’en évince, selon l’opinion de l’auteur du présent topo que la conciliation visée ici est une véritable médiation.
Médiateur des entreprises
cf. art. R.2197-23 à R.2197-24 du code de la commande publique : le médiateur des entreprises est un service du ministère de l'économie et des finances qui propose gratuitement à tous les acheteurs et à toutes les entreprises, quelles que soient leurs ressources, et donc notamment à ceux disposant de moyens limités, un processus organisé afin de parvenir, avec son aide, à la résolution amiable de leurs différends (C.E. 17 mars 2017, n°403768 403817 ; C.E. 21 octobre 2919, n°430062.)
La saisine de ce médiateur interrompt les délais de recours contentieux pour les marchés qui sont des contrats administratifs (art. R.2197-24 code de la commande publique) et les prescriptions dans les conditions prévues par l'article L. 213-6 cja (art.L.2197-4 du dit code.)
Voir le D. n° 2020-1133 du 15 septembre 2020 relatif à l'expérimentation d'un dispositif de médiation en cas de différend au sein des filières de responsabilité élargie des producteurs prévoyant qu’à titre expérimental et pour une durée de trois ans à compter de sa publication le médiateur des entreprises peut être saisi d'un différend avec un éco-organisme agréé ou un producteur qui a mis en place un système individuel agréé en application de l'article L. 541-10 du code de l’environnement. L’art.2 précise que s’il y a lieu, le processus se déroule dans les conditions prévues à la section première du chapitre III du titre Ier du livre II et l'article L. 213-6 du code de justice administrative.
Centres provisoires d'hébergement des réfugiés
L’art.18 du modèle de convention annexé au D. n° 2016-253 du 2 mars 2016 relatif aux centres provisoires d'hébergement des réfugiés et des bénéficiaires de la protection subsidiaire persiste à disposer : "Les litiges survenant du fait de l'exécution de la présente convention sont portés devant le tribunal administratif de Ils peuvent donner lieu à conciliation dans les conditions prévues à l'article L. 211-4 du code de justice administrative." En effet cet article qui traitait de la conciliation proprement dite a été abrogé par la L.2016-1547 du 18 novembre 2016. Il ne semble pas que le modèle ait suivi la transmutation de la conciliation à la médiation dans le cja.